Mezi oběma hnutími přesto přetrvává několik sporných bodů. Jeden z nejzásadnějších sporů je postoj k blízkovýchodnímu mírovému procesu. Fatah požaduje po Hamásu, aby uznal dohody, které s Izraelem podepsala v minulosti Palestinská samospráva a podmiňuje tímto souhlasem vznik vlády národní jednoty. Hamás je sice ochoten vyjednávat s Izraelem o příměří, ale nehodlá se zavázat k naprostému opuštění násilných metod v boji proti sionistické entitě, jak Hamás Izrael nazývá. Především však Hamás odmítá politickou agendu OOP, které pod vedením Fatahu usiluje o vytvoření Palestinského státu vedle státu Izrael. Během rozhovorů v Káhiře prohlásil mluvčí vlády Hamásu v Gaze Táhir Nunu, že Hamás nikdy nepřijme dvoustátní řešení a že Palestinský stát v hranicích z roku 1967 je pouze dočasným řešením. Proto Hamás bude nesmírně opatrný, aby jeho souhlas s účastí ve vládě národní jednoty nevyzněl jako implicitní souhlas s politikou OOP a tedy jako uznání Izraele.

Dalším citlivým bodem je personální obsazení vlády, která by měla dovést Palestince k volbám v lednu 2010. Hamás by měl v kabinetu rád své zástupce, zatímco Fatah by dal raději přednost vládě složené z technokratů, kteří nejsou členové ani jedné ze stran. Jedním z hlavních důvodů, proč nyní Palestinci zasedli k vyjednávacímu stolu, jsou tři miliardy eur, které mezinárodní společenství přislíbilo na obnovu Gazy. Ty ale nebudou k dispozici, pokud Palestinci nezajistí, že tyto peníze nebude spravovat Hamás, který Gazu kontroluje. Také Fatah bojuje neméně silně proti tomu, aby peníze z mezinárodní pomoci pro Gazu mohl kontrolovat Hamás. Přislíbená částka je obrovská a pro Fatah, který je nechvalně známý svojí zkorumpovaností, je velice lákavé moci se aktivně podílet na správě těchto peněz.

Pokud by v nové palestinské vládě zasedli aktivní příslušníci Hamásu, Palestinci by mohli přijít minimálně o podíl z amerických peněz, protože Kongres zakázal jakoukoli finanční podporu Hamásu, který je v USA na seznamu teroristických skupin. Také pro EU, která v minulosti sice nebyla až tak kritická k hnutím neváhajícím používat v blízkovýchodním konfliktu násilné metody, může přítomnost zástupců radikálního Hamásu v nové palestinské vládě představovat do značné míry problém. Ani již výše jmenovaná Saudská Arábie není zrovna velkým fanouškem Hamásu, který je podporován Iránem. Saudi považují teheránský režim za hrozbu sobě i stabilitě v arabském světě. V neposlední řadě ani pro Egypt, který je klíčovým vyjednavačem palestinských rozhovorů, by legitimizace Hamásu prostřednictvím jeho účasti ve vládě nebylo příliš po chuti. Hamás je z velké části pobočkou Muslimského bratrstva, což je nejsilnější opozice současnému režimu v Egyptě. Podobné pocity budou patrné také v Jordánsku, kde je Muslimské bratrstvo rovněž na seznamu hnutí, proti kterým monarchie otevřeně bojuje.

Zatímco výše zmíněné neshody se mohou zdát dostatečným důvodem k neúspěchu, možná úplně zásadní bude nakonec otázka reformy bezpečnostních složek. Na palestinských územích již tradičně působí mnoho ozbrojených organizací, které spolu v rámci soutěže bojují, jejichž loajalita se čas od času mění a jejichž ochota zapojit se do oficiálních bezpečnostních složek je mizivá. Tyto organizace navíc dokáží zablokovat mírový proces svými sólo akcemi proti Izraeli. Ani bohatě financovaná snaha Američanů, Evropanů a Izraelců vytvořit v rámci Palestinské samosprávy profesionální bezpečnostní organizaci pod jedním vedením příliš nikam nevedla. Ozbrojené složky Palestinské samosprávy, které byly s pomocí Američanů vycvičeny v Jordánsku, bojují proti běžné kriminalitě, podle izraelské armády se ale do boje proti radikálům plánujícím teroristické útoky raději nepouští. Fatah si navíc na Západním břehu nadále udržuje tisíce ozbrojených příslušníků, kteří jsou v současnosti sice neaktivní, ale kteří pobírají měsíční výplatu od Palestinské samosprávy, tj. také z amerických a evropských peněz. Především v Gaze ale nadále existují aktivní ozbrojené skupiny, které se aktivně věnují jak kriminální činnosti, tak terorismu a jsou schopny výrazně oslabit politickou a bezpečnostní roli samosprávy.

Jednou z nejsilnějších ozbrojených složek, která není součástí Palestinské samosprávy,disponuje právě Hamás. Až do násilného převratu v červnu 2007 působily v Gaze bezpečnostní složky Fatahu pod vedením bývalého palestinského ministra pro civilní záležitosti Muhammada Dahlana. Dahlanovy jednotky měly podporu Spojených Států a jakožto opozici proti sílícímu Hamásu je miliony dolarů podporovaly také Egypt a Saudská Arábie. Ale ani štědrá finanční podpora nezabránila tomu, aby při bojích v Gaze v červnu 2007 porazilo deset tisíc ozbrojenců Hamásu na 70 tisíc stoupenců Fatahu s tím, že složky pod vedením Dahlana zcela selhaly a sám Dahlan během bojů Gazu raději opustil.

V rámci současných rozhovorů se bude vést ostrá debata právě na téma reformy ozbrojených složek. Velké množství ozbrojenců loajálních k různým frakcím v rámci palestinského názorového spektra je samozřejmě velkou překážkou jednotnému palestinskému vedení. Dvě nejsilnější skupiny, Fatah a Hamas, se vlastních složek budou vzdávat jen velice neradi. Nenávist mezi nimi je značná, bojovníci obou skupin jsou proti sobě připraveni použít ty nejostřejší metody, včetně mučení a mrzačení a v tak nestabilním prostředí jako je to palestinské, je pro politické hnutí existence silných ozbrojených složek naprostou nutností. Rozhovory o palestinské vládě národní jednoty tak rozhodně nemohou probíhat hladce a za daných okolností se vznik stabilního jednotného palestinského vedení zdá spíše utopií.